En la planta baja del museo se encuentra la sala Patrimonio Cultural, continúa por las salas Arqueología del siglo XIX, Arqueología Andina, Arqueología del Ambato y la casa pozo de Arqueología Serrana. Luego, se puede recorrer la sala Mensajes de Identidad con la actualidad de los pueblos originarios de Córdoba. Finalmente, conocemos cómo trabajan los arqueólogos en la sala Excavación.
En el primer piso del Museo de Antropología, se encuentran las salas Identidades y rituales andinos, continuamos con Antropología social y las muestras Huachichocana y Negro sobre Blanco.
El segundo piso alberga un auditorio donde se realizan diferentes eventos y exposiciones, el depósito donde se guardan mateiales para futuras muestras y el balcón con vistas a la Av. Hipólito Yrigoyen.
